La Conférence Episcopale Nationale du Congo est le Pouvoir organisateur de l’Université Catholique du Congo. Elle exerce sa charge en Assemblée plénière. Son pouvoir exécutif sur l’Université Catholique du Congo est dévolu au Comité permanent qui l’exerce conformément aux Statuts de la CENCO et à ceux de l’Université Catholique du Congo. Le Président en exercice de la CENCO en est le Grand Chancelier. Il représente le Saint-Siège auprès de l’Université Catholique du Congo et celle-ci auprès du Saint-Siège. Il veille au maintien et au progrès de l’Institution et favorise sa communion avec la CENCO et l’Eglise universelle. La charge du Grand Chancelier de l’Université Catholique du Congo est actuellement dévolue à Son Excellence Mgr Marcel Utembi, Archevêque  de Kisangani.