Le Conseil d’administration est l’organe chargé de l’administration générale de l’Institution. Il comprend 11 à 19 membres : 5 évêques, le Recteur, un représentant des Doyens, un représentant des Centres de recherche, un représentant du corps académique et scientifique et d’autres membres proposés par le Conseil d’administration en fonction de leur compétence et de l’apport effectif que l’on peut attendre de leur participation au conseil. L’actuel président du Conseil d’administration est Son Excellence Mgr Fulgence Muteba, Archevêque de Lubumbashi